本系於115學年度正式成立，兼有哲學領域與歷史學領域的專業學術研究能力，以及優質多元的教學課程。原哲學系、與史學系，都是臺灣早期成立的學系，同時兼具有哲學碩士、博士學位的研究所，以及史學碩士、博士學位的研究所，學制完整，歷史悠久，人才輩出，於各行各業表現優異。本系整合哲學與歷史學的專業領域，不僅能創造跨領域學習的機會，進而培養具備「哲學的理性思辨」與「史學的敘事能力」的新時代人才，強化學生的將來就業競爭力。未來的課程發展，將建構於專業學術研究基礎之上，推動線上課程、微學分、跨領域等多元類型課程，持續配合USR大學社會責任、產學與地方創生、中等師資教育學程等，整合創新融合課程規劃。
本系碩士班成立於民國51年，為創校研究所之一，博士班成立於民國64年，是國內最早頒授博士學位的哲學研究所。
目前本系不但延續先前以中國哲學承傳和創新為主軸的特色，且致力於中西哲學的溝通交流與美學研究的拓展，學術上在國內與國際都頗受肯定。現有11位專任教師與多位兼任教師，皆深具哲學專素養與教學熱忱，研究涵蓋中國傳統儒道佛哲學、西方古希臘哲學、英美哲學、歐陸哲學，並開展哲學與專業整合之跨領域創新研究。課程呈現多樣化及均衡性，同時也營造出本系開放多元、性別友善氣氛。
本系為全國私立大學歷史學系中唯一具備學士班、碩士班與博士班完整學程的系所，能夠提供史學專業人才最完整的訓練。碩士班創立於民國51年，歷史悠久，學風優良，且師資陣容堅強，自來名師如雲，早期有如史學大師錢穆等教授，皆執教於本所，作育英才。研究所碩士班旨在培養專業歷史研究人員，畢業後或可入博士班繼續深造，或進入社會從事文史等相關工作。
本系博士班成立於民國64年，是國內最早頒授博士學位的哲學研究所。
基於本校以中國文化為核心特色，本系一方面延續中國哲學之承傳和創新的傳統，另一方面致力於中西哲學溝通交流，並以美學為研究特色。
現有10位哲學領域專任教師與多位兼任教師，皆深具哲學教學研究熱忱。研究涵蓋中國傳統儒道佛哲學、古希臘哲學、英美哲學、歐陸哲學、中西美學等等，並開展哲學與專業整合之跨領域及創新哲學研究，課程呈現多樣化及均衡性。
本系博士班長期以來已培養出不少在各大學任教中國哲學及通識的優秀老師，近年畢業或在學者亦不乏藝術、企劃與行政相關人才。
本系博士班創立於民國56年，為國內最早創設史學博士班之一，旨在培養專業歷史研究人才，使其具備擔任高等教育教師或從事獨立研究之能力。師資陣容堅強，名師如雲，早期有如史學大師錢穆、黎東方、楊家駱、蔣復璁等，培育無數專業史學研究人才，執教於各大專院校。本所辦學以中國史研究為特色，尤其以中古、近世及現代史為重點，而臺灣史、世界史亦為研究要點。本所畢業生各具所長，貢獻社會，成就非凡，有擔任大學校長、學術與行政主管、國家圖書館館長、國史館副館長與地方文博館館長等，表現優異。