| 歷年著作目錄 |
| （一）學位論文 |
- 陳佩君，《〈十大經〉中的黃帝與黃老之學研究》，輔仁大學哲學研究所碩士論文，2001
- 陳佩君，《先秦道家的心術與主術：──以《老子》、《莊子》、《管子》四篇為核心》，臺灣大學哲學研究所博士論文，2008。
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| （二）專書 |
- 陳鼓應著，陳佩君、許瑞娟、蔣麗梅、苗玥編修，《老子導讀及譯註：你的第一本道德經入門書》，臺北，臺灣商務印書館，2022年。
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| （三）期刊論文 |
- 陳佩君，〈由「無為」概念的發展看黃老道家的學說意向〉，《中華傳統文化研究與評論》，2，（北京：人民教育出版社，2008），頁343-358。
- 陳佩君，〈由萬物構成問題辨析《管子》四篇中的道與氣〉，《華岡哲學學報》，3，（臺北：中國文化大學哲學系，2011），頁1-28。
- 陳佩君，〈王弼與郭象仁義觀的比較研究〉，《哲學與文化》，40：12，（新北：輔仁大學，2013.12），頁75-93。（A&HCI）
- 陳佩君，〈試析黃、老合流並稱的內在聯繫〉，《道家文化研究》，30，（北京：北京大學道家研究中心、香港道教學院，2016），頁546-569。（CSSCI）
- 陳佩君，〈書評：曾春海，《竹林七賢的玄理與生命情調》〉，《哲學與文化》，44：3，（新北：輔仁大學，2017.03），頁111-117。（A&HCI）
- 陳佩君，〈桓管變法與《管子》「禮法兼綜」思想之形成〉，《哲學論集》，49，（新北：輔仁大學哲學系，2018），頁81-104。
- 陳佩君，〈試析嵇康理想人格的宗教向度〉，《應用倫理評論》，70，（桃園：國立中央大學哲學研究所應用倫理研究中心，2021），頁49-68。
- 陳佩君，〈由莊子「無用之用」談生命教育的意義〉，《應用倫理評論》，76，（桃園：國立中央大學哲學研究所應用倫理研究中心，2024），頁31-43。
- 陳佩君，〈試由「鼓盆而歌」談莊子的情感轉化機制〉，《應用倫理評論》，78，（桃園：國立中央大學哲學研究所應用倫理研究中心，2025），頁63-78。
- 陳佩君，〈陳佩君：試析王弼的「心」－以性情關係為主線〉，《文明探索》，復刊號，2025，頁10-22。
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| （四）專書論文 |
- 陳佩君，〈莊子〉，收錄於中華文化人文精神教材編委會，《中華文化人文精神教材》，（臺北：華岡出版部，2015），頁343-358。
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| （五）研討會論文（含已收錄出版者） |
- 陳佩君，〈《十大經》中黃老之學的哲學思考〉，輔仁大學第二屆哲學系校際研究生論文發表會，新北：輔仁大學主辦，2001年。
- 陳佩君，〈論郭象的自性與共性〉，第一屆中國哲學研究生論文發表會，臺北，2003年。
- 陳佩君，〈莊子與荀子「化」觀比較研究〉，第八屆宗教與心靈改革研討會，臺北，2005年。
- 陳佩君，〈由「無為」概念的發展看黃老道家的學說意向〉，第五屆海峽兩岸中國傳統文化與現代化研討會，重慶，2007年。
- 陳佩君，〈由萬物構成問題辨析《管子》四篇中的道與氣〉， 「傳統中國形上學的當代省思」國際學術研討會，臺北：國立臺灣大學哲學系主辦，2009年。
- 陳佩君，〈魏晉哲學教材教法－以王弼言意之辨為例〉，「第五屆哲學教材教法」研討會，北縣：輔仁大學哲學系主辦，2009年。
- 陳佩君，〈《管子》四篇的心與認識論〉，「傳統中國知識論的當代省思」國際學術研討會，臺北：臺北市立大學哲學系主辦，2010年09月。
- 陳佩君，〈《老子》的身心關系辨析〉，2010洛陽老子文化國際論壇，河南洛陽：洛陽社會科學院，2010年09月；收錄於《老子思想與人類生存之道：2010洛陽老子文化國際論壇文集》，（北京：社會科學文獻出版社，2011），頁126-141。
- 陳佩君，〈禮法之間：《管子》規範思想的形成〉，第二屆「道」與「德」研討會，臺北：中國文化大學哲學系主辦，2011年05月。
- 陳佩君，〈《莊子》的身心關係辨析〉，第五屆中國文哲之當代詮釋國際學術研討會，臺北：國立臺北大學中國文學系主辦，2011年10月。
- 陳佩君，〈論郭象的「人性」概念〉， 第三屆 「道」與「德」研討會，臺北：中國文化大學主辦，2012年05月。
- 陳佩君，〈《管子》四篇「心術」淵源考〉，丁原植教授學術研討會，新北：輔仁大學主辦，2012年06月。
- 陳佩君，〈試析郭象的「人性」概念〉，「道家研究－學術．信仰．生活」第三屆海峽兩岸國學論壇，廈門：廈門大學國學研究院等主辦，2012年11月。
- 陳佩君，〈王弼、郭象「仁義」觀的比較研究〉，第六屆「中國文哲」國際學術研討會，臺北：國立臺北大學中國文學系主辦，2013年10月。
- 陳佩君，〈中華文化教材之《莊子》概說〉，「通識領域課程如何強化中華文化特色之教學內容與方法」工作坊，臺北：中國文化大學通識教育中心主辦，2014年10月。
- 陳佩君，〈試析黃、老合流並稱的內在聯繫〉，「黃老道家研究的新拓展」學術研討會，北京：中國人民大學國學院主辦，2015年11月。
- 陳佩君，〈試析《莊子》逍遙與齊物精神的現代意義〉，第七屆海峽兩岸國學論壇，廈門：篔簹書院，2015年11月。
- 陳佩君，〈「中國哲學通論」課程之教材教法〉，第12屆哲學教材教法研討會，山東淄博：北京大學、山東省社會科學界聯合會主辦，2017年09月。
- 陳佩君，〈桓管變法與《管子》禮法兼綜的治國思維〉，齊文化與稷下學高峰論壇，廈門：廈門大學國學研究院等主辦，2012年11月。
- 陳佩君，〈試論《莊子》才性觀的張力──「才無貴賤」與「才有聖凡」〉，第四屆「東西方哲學之宗教向度」圓桌學術研討會，桃園：國立中央大學哲學研究所主辦，2019年06月。
- 陳佩君，〈試析嵇康理想人格內涵的兩重性〉，第五屆「東西方哲學之宗教向度」圓桌學術研討會，桃園：國立中央大學哲學研究所主辦，2020年11月。
- 陳佩君，〈試論葛洪成仙理論中的張力──在「信道之性」與「仙可學致」之間〉，第六屆「東西方哲學之宗教向度」圓桌學術研討會，桃園：國立中央大學哲學研究所主辦，2021年11月。
- 陳佩君，〈聖人有情無情之辨的時代意義〉，第七屆「東西方哲學之宗教向度」圓桌學術研討會，桃園：國立中央大學哲學研究所主辦，2022年11月。
- 陳佩君，〈試析莊子「無情」說所展現的情感向度〉，第八屆道與德「面向世界的哲學」研討會，臺北：中國文化大學哲學系主辦，2023年05月。
- 陳佩君，〈《管子》四篇對《老子》無為統御術的轉化〉，「黃老思想新視野：政治、語言與倫理」工作坊，臺北：臺灣師範大學國文學系主辦，2023年12月。
- 陳佩君，〈觸情而行，事無不吉」──嵇康「顯情」說的情感原則與實質效益〉，「東西方哲學之宗教向度」研討會，臺北：中央研究院中國文哲研究所主辦，2023年12月。
- 陳佩君，〈試析王弼情感論述中「心」的地位與作用〉，第七屆魏晉南北朝文學與思想國際學術研討會，臺南：成功大學中國文學系主辦，2024年04月。
- 陳佩君，〈試析王弼的「心」〉，第二屆姜太公世界道家論壇，臺北：中國文化大學文學院主辦，2024年09月。
- 陳佩君，〈「感而後應，與物有宜」－莊子面向他者的情感論述〉，體系性哲思之諸哲學向度」工作坊－從關係典範轉移出發，臺北：中央研究院中國文哲研究所主辦，2025年12月。
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